Molecular Surface

To jest wstępny podręcznik użytkownika do powierzchni molekularnych (molecular surfaces).

Ustawienia dla powierzchni molekularnych mogą być zmieniane "Surface Preference"". Domyślnie, powierzchnie są przedstawione jako linie z kropek (......), ale mogą być również przedstawione jako zwykłe linie. Podczas "rzetelnego" renderowania, te moduły będą "zapewniały" widok powierzchni odpowiednio jako proste linie lub 3D. Moduł przezroczystości działa tylko w renderowaniu "Pov-Ray" lub gdy opcja kolorowania 3D z "Display Menu jest włączona".

Wielkość próbnika wynosi (probe) 1.4 Ĺ, i wszystkie atomy mają ustalony promień/wielkość. Obecnie nie jest możliwe aby to zmienić. Jedyne co można tu zmodyfikować to gładkość (jakość powierzchni). Ustawienie domyślne wynosi 1, co oznacza 1 punkt siatki (grid point) na każde 1,4 Angstrem (jednostka długości równa 0,1 nanometra), przy normalnej Triangulacji (metoda pomiaru osnów geodezyjnych, polegająca na określeniu wielkości wszystkich kątów i jednej długości w sieci składającej się z trójkątów. Inaczej: jest to metoda mierzenia dużych powierzchni, polegająca na pokryciu siecią trójkątów). To wystarcza do większości celów. Inne moduły spowolnią przetwarzanie molekuły przez komputer i wymagają o wiele więcej pamięci RAM, ale mogą być wymagane do mniejszych protein.

Zauważ że atomy wodoru są obecnie ignorowane (nie wyświetlane) podczas symulowania powierzchni przez komputer.

Powierzchnie mogą być pokolorowane na następujące sposoby:

Typy Atomów (w tym przypadku CPK)
Wgłębienia (w tym przypadku pojawią się w innym kolorze niż główna powierzchnia molekuły, i będzie widoczne oddzielne okno podające powierzchnie i objętość każdego wgłębienia)
Potencjał Elektrostatyczny. W tym przypadku ustawienia z menu "Electrostatic Potential Preference".

Powierzchniowe łatki są przyczepiane do każdej (Surface patches are attached to each) reszty i mogą być włączone i wyłączone z panelu kontrolnego (kliknij na małą strzałkę zlokalizowaną w kolumnie i zaznacz "molecular surface"). Po zakończeniu obliczania przez komputer powierzchni zauważysz że kompletnie pogrzebane/zanurzone pozostałości nie posiadają zaznaczenia (check mark)na przeciwko nich. Kolor łatek na powierzchni należących do bliskich pozostałości może być ustawiony poprzez kliknięcie odpowiedniego przycisku panelu kontrolnego o ile pop-up menu kolorowania zostało ustawione na kolorowanie "surface".

To w pewien sposób wchodzi w konflikt z kolorem ustawionym domyślnie. Aby przywrócić kolor domyślny kliknij na przycisk kolorowania panelu kontrolnego jednocześnie trzymając "shift", i potwierdź klikając "ok".